在线游戏有助于预测RNA折叠的方式

2019-02-04 02:03:00

鲍勃·霍姆斯(Bob Holmes)计算机游戏和现实世界生物化学的新型混合体很快就会让研究人员能够预测RNA分子的复杂折叠模式这将允许他们合成定制分子,其可以用作化学传感器或用于其他应用 RNA分子的折叠很难预测,因为每个分子都是一长串的单元或碱基,它们可以以许多不同的方式相互配对因此,即使是最好的计算机算法也很难预测分子实际会采用的形状由宾夕法尼亚州匹兹堡卡内基梅隆大学的计算机科学家Adrien Treuille领导的一个小组将这个问题转嫁给在线游戏玩家 “而不是让强大的计算机通过数据,为什么不让很多人这样做呢”Treuille说称为EteRNA的游戏玩家将获得目标形状,然后可以按任何顺序加入基地随着每次变化,计算机计算折叠RNA分子的最可能形状,允许玩家调整基础直到它们达到目标 EteRNA上周上市,已经吸引了大约5000名玩家首先,玩家将通过设计简单的形状来磨练他们的技能,以达到游戏的目标然而,在几个月内,研究人员希望在更难实现的问题上启动它们例如,Treuille希望设计一种能够在另一种目标分子存在下改变形状的RNA分子,从而起到传感器的作用一个名为FoldIt的早期游戏,Treuille也帮助设计,让玩家可以预测折叠蛋白质的形状但由于RNA分子的合成速度快且便宜,新游戏更进了一步每周,Treuille在加利福尼亚州斯坦福大学的同事Rhiju Das在他的实验室中创造了一些分子,看看他们是否真的采取了预测的形状到目前为止,大约40个测试中只有4个已经这样做了然而,游戏玩家会看到有效的分子和没有分子的分子,让他们在未来改进预测例如,游戏测试版的测试人员很快就知道,具有许多重复碱基序列的分子会被“混淆”并且无法预测地折叠 - 这是生物化学家之前没有意识到的,Treille声称将来自现实实验的反馈整合到在线游戏中可以保持结果的真实性,但这并非易事 “如果你有一个视频游戏,人们可以下载并播放它,”斯坦福的生物工程师Ingmar Riedel-Kruse说,他不属于Treuille和Das的项目 “如果你有一个实验,